Не соглашусь. "Выступ по периметру" - ни что иное, как косяки пушечных портов (которые, кстати, именно в таком виде есть почти на всех старинных моделях кораблей).

Рекомендую лавсановые нитки (обозначение - буква "Л" после номера). Могут еще продаваться под названием "полиэфирные" (если импортного производства).

держите минуту-две в горячей воде (почти кипяток), а потом клеите на ПВА с использованием утюжка.
Можно также распарить в воде, согнуть по месту без клея, прижав резинками, зажимами и т.п. и подсушить в таком виде тем же утюжком. Фальшборт при этом примет нужную форму. Если в носовой части с первого раза нужная форма не получится, операцию для этого участка можно повторить несколько раз.
Внимание! Долго фальшборт в горячей воде не держать - фанера может расслоиться.

Внесу и я 5 копеек в обсуждение набора (да и вообще по теме)
1. По окраске. Если верить историческим моделям из коллекции Кригштайн, то окраска, показанная на коробке - правильная, за исключением внутренней стороны фальшбортов, которая была красной.
2. По тонированию "под грушу". Вопрос не в том, чтобы было "дешево и сердито". Груша в судомоделизме используется не только и не столько из-за приятного цвета, а в основном из-за мелкослойной и плотной структуры. А этого не даст ни одна морилка.

Так за чем же дело стало, с твоими-то руками?
Сначала положить желтый фильтр, а потом покрыть все это АКАНовским высветляющим лаком, и ву а ля.

В смысле на коробке?

Если обшивка черновая,то совершенно не важно
Если чистовая, то безопаснее и вернее начинать ее вверх и вниз от нижнего бархоута. Сам бархоут - кому как нравится. Кто-то ставит его сразу, а кто-то оставляет под него место и клеит уже после завершения обшивки.

Мои 5 копеек:
Шлифованный дуб, конечно, выглядит весьма хорошо, но есть опасность, что при обработке маслом вылезут проблемы в виде сильно выраженной структуры.
Все же не зря в деревянном моделировании дуб используют очень редко и преимущественно в крупных масштабах.
И еще про цвет днища.
Не помню, где, но где-то читал, что защитным составом на основе сала и серы, имеющим грязно-белый цвет, начали пользоваться в 17 веке (т.е. намного позже, чем колумбовские времена), а во времена Колумба подводную часть просто смолили горячей смолой.

Браво!

Почему же нет. Да сколько угодно!
"Сюрприз" номер раз:
http://www.shipmodeling.ru/shop/category/10/section/28/product/2749?key=2f48ffdf501054ef8a7635db899f8cef
"Сюрприз" номер два:
http://www.shipmodeling.ru/shop/category/10/section/31/product/2789?key=977063d7bf81fecbac025efd17726603
"Сюрприз" номер три:
http://www.shipmodeling.ru/shop/category/10/section/300/product/48779?key=ecbacda75d6128c6c0b9aa7df891e77a

И в добавок "Ашерон":
http://www.zvezda.org.ru/korabli/9034/

Про пушки.
Многое зависит от того, что планируется с парусами.
Если паруса будут поставлены и наполнены ветром, то порты должны быть закрыты. Если паруса убраны или рангоут вообще без парусов, то порты скорее всего д.быть открыты. При частично поставленных парусах возможны и варианты.
Про английские пушки на ЧЖ.
В Англии такие лафеты (облегченные) появились не раньше, чем в 1720 году. До этого были по виду почти как континентальные, различие только в обвязке.
Про ЧЖ
ЧЖ - не фрегат, не корвет, не галеон, а помесь бульдога с носорогом. Искать похожие на нее реальные корабли - дело совершенно бесперспективное.

Пока еще не все потеряно, должен Вас огорчить:
на приведенных Вами фото только в одно место надо вставлять потеряй (хотя можно было бы обойтись и без него). Все остальные прогалины в обшивке - исключительно плод Ваших попыток обойтись без изгибания реек, не имеющий ничего общего с теорией и практикой судостроения.
Вы, конечно, помните, но на всякий случай еще раз напомню, что такое потеряй (STEALER), шпунтовая доска (JOGGLE PLANK) и откуда они берутся.

Из-за формы корпуса судна доски обшивки обычно сужаются к носу/корме (сходятся). Для того, чтобы избежать их расщепления или коробления, узкий конец доски не должен быть уже, чем 1/2 широкого конца. Если сужение получается больше, чем эта величина, две соседние доски обшивки урезаются по длине и продлеваются одной шпунтовой доской (JOGGLE PLANK). При этом узкий конец этой доски так же должен быть не уже, чем 1/2 широкого конца (т.е. эта доска ни как не может быть клинообразной).
Иногда из-за формы кормы получается, что доски обшивки наоборот расходятся (как 3-я и 4-я от киля планки на Вашей модели). В этом случае две соседние доски урезаются по ширине (опять же не более, чем на 1/2 их ширины) и между ними врезается потеряй (STEALER). Опять же, форма потеряя ни как не клинообразная.
Еще пара слов, откуда берется и как рассчитывается сужение досок обшивки модели.
1.  Измеряется длина внешнего обвода мидель-шпангоута ниже КВЛ и делится на переведенную в масштаб модели ширину доски обшивки (цифры называть не буду, т.к. для каждого времени ширина досок своя). Получаем количество планок обшивки, оно же - количество поясов.  
2. измеряем длины внешних обводов остальных шпангоутов (также ниже КВЛ) и делим полученные числа на количество поясов, полученное на шаге 1.
3. перенося полученные данные на бумагу, получаем форму поясов обшивки (ВНИМАНИЕ: все пояса при этом д.б. одинаковыми).
4. выявляем места, где ширина поясов обшивки становится меньше 1/2 ширины по миделю - отсюда должны начинаться шпунтовые доски.
5. Выявляем места, где ширина поясов обшивки становится больше ширины по миделю - отсюда должны начинаться потеряи.

P.S. Для нормальной обшивки гнуть суженные доски на ребро придется, как ни крути. Отлично помогает в этом горячая вода, пар или утюжок. А вот нашатырь не рекомендую - часто он меняет цвет древесины, причем после обработки им две совершено одинаковых до этого рейки могут приобрести разные оттенки.

От людей, которые давно занимаются бумажным моделированием, слышал такую рекомендацию: все листы модели еще до начала резки покрываются в 2-3 слоя прозрачным цапонлаком, после чего бумага и не расслаивается, и не пачкается, и цвет совершенно не меняется.

Я бы уточнил - водорастворимый акриловый лак. Тот же АКАН, который вонючий, он ведь тоже акриловый, но им бы я покрывать не рискнул.