Появились корабельные флаги очень давно — их зарождение началось на самых ранних этапах судостроения и мореплавания.

Фрески и барельефы Древнего Египта сохранили для потомков изображение судовых флагов, существовавших еще в XV—XIII веках до н.э.

С годами украшение судов флагами стало традицией.
Корабельные знамена тех далеких времен представляли собой полотнища самых разнообразных размеров, форм, рисунков и цветов. В седую старину они служили отличительными внешними знаками, символами экономического могущества владельца судна. Чем был он богаче, тем роскошнее украшал свое судно флагами, тем дороже была ткань, из которой они шились.
В середине XIV века, например, считалось особым шиком поднимать на корабле флаг гигантского размера. Например, герцог Орлеанский (с 1498 по 1515 год он был королем Франции Людовиком XII), командовавший флотом в 1494 году, имел личный штандарт длиной 25 метров, изготовленный из желтой и красной тафты. По обеим сторонам этого флага на фоне серебряного облака была изображена Богородица. Роспись флага производил придворный художник Бурдинсон.
В 1520 году на флагманском корабле английского короля Генриха VIII вымпелы и флаги (да и паруса) были вышиты золотом.

На кораблях того времени флагов было великое множество. Иногда их число доходило до полутора десятков. Поднимались они на мачтах, на кормовых, носовых и даже бортовых флагштоках. Видимо, считалось престижным обвешивать судно со всех сторон дорогостоящими яркими флагами. Только вряд ли это было удобно экипажу — бортовые флагштоки, например, очень мешали управлению парусами, а многочисленные крупные флаги создавали дополнительную, нежелательную, да и опасную, парусность.
Видимо, поэтому со временем для них на корабле отвели всего три места — нос, корму и мачты. Здесь и стали поднимать флаги, по которым во время сражений экипажи отличали свои корабли от чужих и получали распоряжения на действие всего отряда кораблей, а также местопребывание адмиралов — командующих эскадрами или флагманов, имевших свой личный флаг