Игорь, спасибо Вам большое за подсказки и конструктивную критику!
У меня сейчас есть возможность по максимуму поправить множественные ошибки и я надеюсь на вашу поддержку и консультации.

Сразу скажу, что некоторые ошибки в силу определённых моментов придётся оставить как есть, к сожалению. Тем не менее мне крайне важна Ваша оценка и наставление на путь истинный. Жалко, что я сразу не пришёл к правильному подходу создания этой модели, не осознал в начале пути важность вникнуть по максимуму в предмет и стал собирать по инструкции. Но, как говориться. лучше поздно, чем никогда.
Попытаюсь исправить ситуацию с адмиральской доской, уберу стыки на коротких досках, подумаю как лучше сделать ватервейс, скорректирую проёмы люков (сейчас понятно, что они прорезаны некорректно). Ещё раз изучу материалы.
Вопросы у меня такие:
1. По ватервейсу - какой ширины он должен быть (ширина рейки настила 5мм) ? Обязательно ли он должен возвышаться над плоскостью палубы? (в Анатомии, да простят меня небеса, он показан заподлицо)
2. Какой вариант врезки настила в носовой части будет правильным в моём случае?
3. Нагелевание - проводилось ли оно по полу-бимсам или только по бимсам, другим элементам (выделено красным на чертеже)?
4. Как крепилась королевская доска? Если также нагелеванием, то какой рисунок?  

Про пяртнерсы не совсем понял.

Ещё один важный момент, который я к сожалению обнаружил - шаг нагелевания больше чем надо и не совсем соответствует чертежу и расположению бимсов. Связано это со следующем: ширина доски несколько переразмерена. Исходя из чертежа ширина палубной доски должна составлять 3-3,5мм, у меня - 5мм. При более узкой доске сделать нормально имитацию нагелевания (на мой взгляд) не получится. Более широкая доска потащила за собой больший интервал сдвижки досок для сохранения рисунка раскладки. Как результат - линии нагелей убежали в сравнении с чертежом. Местами, конечно можно добавить ряды, что улучшит копийность, но полного соответствия не получиться.
Прошу вашего совета - попробовать сделать как выше по описанию или полностью весь настил в переделку?  

Коллеги, теперь нужна ваша помощь!  

Если с центральной доской всё понятно - надо оторвать две центральные доски и вклеить одну в 2 раза шире, то как поступить с формированием ватервайса и врезок с минимальными переделками - вот это вопрос?!!!!

Надеюсь на ваш дельный совет!

Коллеги, спасибо за ваши комментарии! Безусловно они очень важны для меня!

Теперь попробуем разобраться по порядку.
Во первых: я нашёл ещё одну ошибку - по центру должна идти одна более широкая доска. Её ширина вдвое больше, чем ширина остальных досок настила. Сразу я этого не заметил из-за осевой линии на виде сверху.
Во вторых: ватервейс (если верить анатомии) выполнен заподлицо с плоскостью настила палубы и представляет собой более широкую доску, в которую врезаны крайние доски палубы.

Ну а дальше произошла не то чтобы катастрофа.... В общем я понял, что верёвки из набора (канатами их язык назвать не поворачивается) просто никуда не годятся, впрочем как и блоки. И я начал искать действительно нормальные канаты, блоки и много ещё чего. И чем больше я копал, тем больше приходило понимание, что делать модель с таким низким качеством неправильно в корне. Я начал изучать разную литературу, в т.ч. и Анатомию Баунти, вдохновился великолепной работой Романа Роганова и его команды здесь на Каропке и решил делать максимально аутентичную модель в соответствиями со всеми правилами и качеством.
На основании выше изложенного я принял решение, что не буду переделывать только обшивку корпуса, остальное в переделку!      
И начал я с палубы! Сначала демонтировал все элементы с неё и снял весь шпон с гвоздями, которые все эти пол года не давали мне покоя! Как я раньше не решался на это?!!  

В процессе шлифовки шляпки частично стёрлись и тали меньше, но к сожалению шпон местами я пробил но фанерной подложки ((.
На фото не видно, но это так!
Далее несколько фото после обработки корпуса маслом.

Стало:

Здесь фото 10-ти летней давности - начала стройки. Я тогда не предполагал как будут развиваться события и моя жизнь (в том числе как моделиста).
Самое первое правило - не верь инструкции из коробки. Я поверил....
То, что потом выйдет боком - гвозди. Производитель предлагает забивать их заподлицо с палубой. Результат так себе мягко говоря.  

Защита самодел или из набора?