Если лак уже высох, то крайне желательно заматовать поверхность.
Но вообще шагрень не убирают вторым слоем. Во-первых, модель зальете. Во-вторых, не факт, что второй слой скроет шагрень.

Если первый слой нормальный, то лучше будет зашкурить и заполировать шагрень.

Нет. Будет виден переход. Я пока не видел, чтобы на моделях кто-то исправлял переходы.
Обычно перекрашивается полностью элемент (дверь, бампер и т.д.). То есть маскируется по периметру по расшивке, вышкуривается и заново красится. Причем, необязательно шкурить до грунта, иногда и лак оставляют, просто сильно его матуя и делая его тоньше.